清洗色譜柱可采用色譜柱沖洗裝置把溶劑注入色譜柱，該裝置接有一個有壓力的氣源上（氦氣或氮氣），并把色譜柱插到沖洗裝置中，把溶劑加入樣品瓶里，往溶劑瓶中施加壓力，把溶劑壓到毛細管色譜柱里，殘留物溶解到溶劑中，然后用溶劑把它反吹譜柱，再用容積吹掃色譜柱，并把色譜柱進行適當的老化處理。

在沖洗色譜柱之前，把它切去半米（即靠近進樣口一端），把連接檢測器的一端插入溶劑沖洗裝置，常使用多種溶劑沖洗色譜柱，后面繼續使用的溶劑必須要和前一種溶劑互溶，一定不要使用高沸點溶劑，特別是后使用的溶劑，溶解樣品的溶劑常常是佳的選擇。

決多數情況下建議使用甲醇、二氯甲烷和己烷。丙酮是二氯甲烷的代替品（在避免使用含氯溶劑時），但是二氯甲烷是一種的沖洗溶劑，如果注射的是水性樣品（如生物液體和組織），在使用甲醇以前要用水來沖洗，一些源于水性樣品的殘留物只能溶解在水中而不溶于有機溶劑。應當使用水和醇類（如甲醇、乙醇和異丙醇）沖洗鍵和聚乙二醇為基的固定相，只作為后使用的溶劑。