液相色譜法：適于溶解后可制成溶液的樣品或有機介質溶液，不受樣品的揮發性和熱穩定性的限制，百分之七十以上的有機化合物可用液相色譜分析，特別是高沸點、大分子、揮發性差、強極性、熱穩定性差化合物的分離分析，顯示出優勢。
氣相色譜法：適應易于汽化、熱穩定性好、且沸點比較低的樣品分析。但不適應于對高沸點、揮發性差、熱穩定性差、離子型及高聚物的樣品分析；色譜法的缺點主要是難以對未知物分析定性，如果沒有已知的純樣品或已知純樣品的色譜圖，就很難判斷某一色譜峰究竟代表何物。
氣相色譜儀所能直接分離的樣品是可揮發、且熱穩定的，沸點一般不超過500℃。據有關資料統計，在目前已知的化合物中，有20%～25%可用氣相色譜儀直接分析，其余原則上均可用液相色譜儀分析。也就是說氣相色譜儀的分析對象遠沒有液相色譜儀多。需要指出的是，有些雖然不能用氣相色譜法直接分析的樣品，通過特殊的進樣技術，如頂空進樣和裂解進樣，也可用氣相色譜法間接分析。比如高分子材料的裂解色譜就是如此。這在一定程度上擴大了氣相色譜法分析對象的范圍。此外，氣相色譜法比液相色譜更適合于*氣體的分析。
氣相色譜法具有分離能力好，靈敏度高，分析速度快，操作方便等優點，但是受技術條件的限制，沸點太高的物質或熱穩定性差的物質都難于應用氣相色譜法進行分析。一般對500℃以下不易揮發或受熱易分解的物質部分可采用衍生化法或裂解法。液相色譜法，只要求試樣能制成溶液，而不需要氣化，因此不受試樣揮發性的限制。對于高沸點、熱穩定性差、相對分子量大(大于 400 以上)的有機物( 些物質幾乎占有機物總數的 75% ～ 80% )原則上都可應用液相色譜法來進行分離、分析。 據統計，在已知化合物中，能用氣相色譜分析的約占20%，而能用液相色譜分析的約占70～80%。
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